Решение:
1. Создать копии таблиц Config и ConfigSave (на случай восстановления).
SELECT * INTO Config_copy FROM [Config]
;
SELECT * INTO ConfigSave_copy FROM [ConfigSave]
2. Удалить все записи из таблицы ConfigSave (содержит обновление)
DELETE FROM [ConfigSave]
3. Удалить три записи из таблицы Config (информация о незаконченном процессе обновления конфигурации)
DELETE FROM [Config] WHERE FileName IN ('commit','dbStruFinal','dynamicCommit')